Offres
API
Connexion
Documents similaires
Arrêté - Préfecture - Bouches-du-Rhône - 03 protocole
Arrêté - Préfecture - Bouches-du-Rhône - ra20090209000
Arrêté - Préfecture - Bouches-du-Rhône - berges Huveaune
Arrêté - Préfecture - Bouches-du-Rhône - ra20070822002
Arrêté - Préfecture - Bouches-du-Rhône - ra20080131000
Arrêté - Préfecture - Bouches-du-Rhône - ra20060852
Arrêté - Préfecture - Bouches-du-Rhône - recueil1933
Arrêté - Préfecture - Bouches-du-Rhône - ra20080617000
Arrêté - Préfecture - Bouches-du-Rhône - ra20070410000
Arrêté - Préfecture - Bouches-du-Rhône - ra20070419000
Arrêté - Préfecture - Bouches-du-Rhône - 03 protocole
Document publié le Mercredi 11 février 2026
Lien du pdf (Arrêté - Préfecture - Bouches-du-Rhône - 03 protocole)
Thèmes du document : Espaces terrestres et maritimes, Eau et assainissement, Industrie,
PROTOCOLE D'HYGIÈNE
POUR LE CONTRÔLE DES
MALADIES DES AMPHIBIENS
SUR LE TERRAIN
F I C H E T E C H N I Q U E
©Daniel Bahrmann de Pixabay
S o c i é t é H e r p é t o l o g i q u e d e F r a n c e
P r o t o c o l e s a n i t a i r e . v e r s i o n 0 5 . 2 0 2 3
D O I : 1 0 . 4 8 7 1 6 / F T S H F - 0 0 1 2
PRÉFACE
de faciliter les rapports entre herpétologistes de langue française,
de mieux faire connaître les Reptiles, les Amphibiens et leur rôle dans les
équilibres naturels,
de contribuer à une meilleure connaissance de la faune française et de sa
répartition,
de protéger des différentes espèces et leur environnement,
d’améliorer les conditions d’élevage des Reptiles et des Amphibiens,
notamment à des fins scientifiques.
Ce fiche a été conçue afin de fournir des informations pédagogiques et
techniques dans le domaine de l'étude des reptiles et des amphibiens.
La fiche technique "Protocole d'hygiène pour le contrôle des maladies des
amphibiens sur le terrain" fait de partie de la collection de fiches disponible sur
le site interne de la SHF (www.lashf.org/ressources).
La Société Herpétologique de France
La Société herpétologique de France (SHF) est une association loi 1901 fondée en
mars 1971. Elle est agréée au titre de la protection de l’environnement depuis le
28 février 1978, agrément renouvelé le 31 décembre 2012. La SHF a pour buts :
www.lashf.org
Ce document a été réalisé par Claude Miaud (EPHE, Montpellier).
Citation du document
Miaud C., 2022 - Protocole d’hygiène pour le contrôle des maladies des
amphibiens sur le terrain. Ecole Pratique des Hautes Etudes (ed), 9 pages.
DOI : 10.48716/FTSHF-001 De prévenir ou réduire les risques de transferts d’organismes pathogènes au
sein et entre les populations d'amphibiens dans la nature.
Permettre l’identification et amener une procédure appropriée lors de la
découverte d’amphibiens morts ou malades dans la nature.
Les amphibiens sont exposés dans leur environnement naturel à de nombreux
organismes qui peuvent être plus ou moins pathogènes.
Depuis une vingtaine d’années, des mortalités massives d’amphibiens sont
observées en France, causées par des pathogènes (champignons et virus) qui ont
pu être introduits dans le milieu naturel via les activités humaines. Dans ce
contexte, les personnes pouvant accéder et/ou travailler dans les milieux
aquatiques, susceptibles d’introduire ou de disséminer ces pathogènes, doivent
intégrer dans leurs activités un protocole standard de mesure sanitaire de
précaution, à mettre en œuvre lors de leurs campagnes de terrain.
Si ce protocole est ciblé sur les pathogènes responsables de mortalité chez les
amphibiens, les précautions permettront également de limiter la dissémination
d’espèces végétales ou animales envahissantes.
Ce document doit permettre de :
Quel lecteur pour ce document?
Ce protocole est proposé pour tous les professionnels de l’environnement,
chercheurs, gestionnaires d’espaces, naturalistes professionnels et amateurs,
étudiants, etc., (appelés par la suite opérateurs de terrain) qui fréquentent les
milieux aquatiques et en particulier réalisent des observations et/ou études sur les
amphibiens.
Ce protocole devrait en particulier être diffusé auprès des professionnels et
amateurs qui contactent et manipulent régulièrement des amphibiens sur le terrain.
Ce protocole est une actualisation du protocole d’hygiène proposé par l’Agence de
l’eau RMC (Miaud, 2014) tenant compte des avancées de la connaissance sur les
maladies des amphibiens. Son application doit devenir une règle pour toute action
qui nécessite la manipulation des amphibiens sur le terrain.
CONTEXTE
3 Principes généraux
Les opérateurs de terrain qui travaillent dans les milieux aquatiques (avec ou sans
amphibiens) fréquentent souvent plusieurs sites aquatiques lors d’une même campagne
de terrain. Il est donc nécessaire de définir les limites entre les sites fréquentés et de
prendre des mesures pour limiter la diffusion des pathogènes potentiels :
1. Si l’intervention est réalisée sur des sites où la présence de l’agent pathogène est
suspectée (observation de mortalités d’amphibiens, présence d’espèces exotiques,
etc.) ou avérée, il est impératif d’appliquer rigoureusement le protocole
d’hygiène.
2. Si plusieurs sites aquatiques doivent être visités au cours d’une même campagne de
terrain, désinfecter le matériel entre chaque site (voir ci-après). Lors d’intervention
sur une pièce d’eau importante (marais, rivière, grand lac …), désinfecter régulièrement
le matériel.
3. Avant toute sortie sur le terrain, il est indispensable de s’assurer que l’ensemble du
matériel qui va être utilisé (bottes,waders, épuisette, etc.) a été correctement
désinfecté à la fin de la dernière campagne de terrain ou il a été utilisé. En cas de
doute, désinfectez-le.
4. Il existe dans le commerce plusieurs produits désinfectants efficaces pour éliminer
les chytrides et les ranavirus (alcool à 70 %, eau de javel). Néanmoins, pour des raisons
d’efficacité sur la plupart des agents infectieux (bactéries, virus et champignons), et de
respect de l’environnement, nous recommandons l’utilisation du Virkon®.
Le rejet de ce désinfectant dans l’environnement doit être limité. Le fabricant
recommande l’élimination du Virkon® par les réseaux d’eaux usées.
Avant utilisation, lire les instructions d’usage fournies par le fabricant
(fiche de données de sécurité N°130000014173).
5. En cas de manipulation d’amphibiens, il est recommandé d’utiliser des gants jetables
non poudrés, ou à mains nues préalablement humidifiées. Dans la mesure du possible,
les individus capturés doivent être maintenus individuellement (un sac = un amphibien)
dans des sacs plastiques à fermeture zip, boites plastiques, etc. afin de limiter les
contacts et les risques de transmission de pathogène entre animaux.
MISE EN OEUVRE
SUR LE TERRAIN
4 En cas de connaissance de la présence de pathogènes dans un (des)
sites, il(s) devra(ont) faire l’objet d’une visite de préférence en fin de la
session de terrain.
En cas de prospections dans des sites aquatiques proches (archipel de
mares, marais, rivière, etc.) dans une même région, le matériel sera
désinfecté par exemple à l’issue d’une demi-journée de terrain.
En cas de prospections entre des régions distantes (changement de bassin
versant, etc.), le matériel devra être désinfecté au moment où les opérateurs
de terrain quitte la région.
L’objectif du protocole d’hygiène est de limiter les risques de transmission des
pathogènes, et une fréquence élevée de décontamination des matériels participe
à cette limitation.
Il faut évidemment bien prendre en compte l’aspect opérationnel et l’appropriation
du protocole par les opérateurs de terrain : un compromis entre « effort » de
désinfection et « risque » de contamination doit être trouvé, et il repose sur la
définition des limites des sites fréquentés.
DÉFINITION
D'UN SITE
5 Brosse ;
Pulvérisateur ;
Virkon® (pastilles) ;
Gants jetables non poudrés (pour préparer la solution Virkon® et en cas de
manipulation d’amphibiens) ;
Lingettes imprégnées d’alcool à 70° ou solution hydro-alcoolique (disponibles en
grandes surfaces et pharmacies) ;
Sacs plastiques jetables de différentes tailles (à jeter à la fin de chaque
campagne de terrain) ;
Bacs plastiques de stockage (restant dans le véhicule et régulièrement
désinfecté).
Si vous manquez de Virkon® au cours de votre campagne de terrain, et que le
produit n’est pas disponible localement, vous pouvez le remplacer par de l’alcool à
70° ou de l’eau de javel (4 %) en pulvérisation et en veillant aux précautions d’usage
pour les opérateurs et à ne pas mettre en contact avec le milieu aquatique avant
son évaporation. A noter que même s'il est vendu dans d'autres pays, le F10® ne
dispose pas d'autorisation de mise sur le marché en France. De ce fait, son
utilisation est vivement déconseillée.
LISTE DU MATÉRIEL
NÉCESSAIRE
6 ©A. Martin. Virkon et pulvérisateurs. 1. Préparer dans un pulvérisateur une solution de Virkon® à 1 %. Le produit devient
inefficace lorsque la coloration rose disparait. Nous recommandons de préparer une
nouvelle solution lors de chaque campagne de terrain. La solution peut être préparée sur
le terrain en utilisant l’eau d’une rivière ou d’un étang (le Virkon® est disponible en sachet
de poudre ou en pastille).
2. En quittant un site et avant de se rendre sur un nouveau (voir le point 2 - mise en
oeuvre sur le terrain), nettoyer le matériel (bottes, wadders, épuisette…) à l’aide d’une
brosse afin de retirer boues et débris, et en utilisant l’eau du site venant d’être
fréquenté.
3. Pulvériser la solution de désinfectant sur l’ensemble du matériel ayant été au
contact de l’eau et laisser agir pendant 5 minutes avant réutilisation (de préférence
jusqu'à ce que le matériel soit sec). Le petit matériel ayant été au contact avec des
amphibiens (balances, ciseaux, ...) peut être désinfecté par immersion dans le
désinfectant ou avec des lingettes imprégnées d’alcool à 70%. Ne pas rincer
l’équipement afin d’éviter que le désinfectant ne soit introduit dans l’environnement. Si
besoin, le matériel peut être rincé au retour du terrain (avec évacuation dans le réseau
d’eau usées).
4. Pulvériser du désinfectant sur les semelles de vos bottes ou chaussures de
marche avant de quitter le site.
5. Stocker le matériel désinfecté dans des sacs plastiques jetables puis dans un bac
de rangement dans le véhicule.
6. Désinfecter vos mains à l’aide de lingettes imprégnées d’alcool à 70 % ou d’une
solution hydroalcoolique.
7. Au retour du terrain, placer l’ensemble du matériel jetable (gants, sacs, etc…) dans un
sac poubelle avant de le jeter. Les vêtements de terrain peuvent être désinfectés
régulièrement par un lavage en machine à 60°C.
La transmission des pathogènes via les véhicules routiers est peu probable. La dispersion
de ranavirus via la coque de bateau (kayaks) a été montrée. Si un engin (véhicule ou
bateau) a circulé dans des sites aquatiques peuplés par des amphibiens, une procédure
de désinfection (pulvérisation de désinfectant) peut être appliquée.
MISE EN OEUVRE
DU PROTOCOLE
DE DÉSINFECTION*
7 Epiderme dorsal assombri, taché ;
Epiderme dorsal rosâtre, rougeâtre - Lésions cutanés (plaies) ;
Gonflement des membres (postérieurs) ;
Apparence amaigrie ; Infection des yeux ;
Saignements (yeux, narines, …)
Mouvements léthargiques des membres (postérieurs) ; Absence de comportement
de fuite ;
Nage anormale (adultes et têtards) ;
Exposition au jour pour des espèces nocturnes ou discrètes ;
Faible ou absence de réaction si touché.
CONDUITE A TENIR
La connaissance sur les maladies des amphibiens passe par la collecte de données sur
le terrain. Les amphibiens malades ou morts (sauf dans le cas de mortalités attribuées à
une cause évidente comme la prédation ou l’écrasement sur les routes) devraient être
collectés suivant un protocole standard :
Signes cliniques chez les amphibiens malades ou mourants
Il n’y a pas de signes cliniques spécifiques des infections à chytrides ou ranavirus.
On peut lister des signes pouvant être impliqués dans ces infections :
Sur l’apparence générale :
Sur les comportements :
Protocole de collecte et de stockage
L’usage de gants jetables est très recommandé lors de la manipulation d’amphibiens
morts ou malades. Les animaux doivent être maintenus et/ou stockés dans des
récipients individuels (e.g. sacs plastiques type ziplock). Les individus morts doivent être
conservés le plus au frais possible pendant la campagne de terrain, puis congelés.
Les animaux morts peuvent aussi être fixés sur le terrain à l’alcool à 70° (min).
Si possible, ouvrir l’animal et le placer dans un contenant d’un volume au moins égal à
10 fois le volume du spécimen.
Si beaucoup de spécimens sont récoltés, certains peuvent être fixés et d’autres
congelés. Les récipients utilisés doivent informer sur la date de prélèvement, le lieu, la
date et l’identité du préleveur (et si possible ses coordonnées).
OBSERVATION
D’AMPHIBIENS MALADES
OU MORTS*
*Adapté de NSW National Parks and Wildlife Service (2001). Hygiene protocol for the control of disease in frogs.
Information Circular Number 6. NSW NPWS, Hurstville NSW
8 Remerciements
A l’ensemble des partenaires du programme Biodiversa (2009-2012) “Race” (coordinateur M. Fischer)
pour leur implication dans les études sur les maladies des amphibiens d’Europe.
L’ensemble des opérateurs de terrain qui alimentent la connaissance sur ces maladies par leur vigilance
et leurs prélèvements sur le terrain.
Références
DEJEANT. MIAUD C. & M. OUELLET, 2007 - Proposition d’un protocole d’hygiène pour réduire
les risques de dissémination d’agents infectieux et parasitaires chez les amphibiens lors
d’intervention sur le terrain. Bulletin de la Société Herpétologique de France 122 : 40-48.
DEJEAN T., MIAUD C., OUELLET M., 2010 - La chytridiomycose : une maladie émergente des
amphibiens. Bulletin de la Société Herpétologique de France 134 : 27-46.
FISHER MC, SCHMIDT BR, HENLE K, SCHMELLER DS, BOSCH J, AANENSEN DM, MIAUD C,
GARNER TWJ, 2012. RACE: Risk assessment of chytridiomycosis to European Amphibian
Biodiversity. FrogLog 101: 45-47.
MIAUD C., 2013 – Un champignon menace les amphibiens. Qu’avons-nous appris de la
chytridiomycose ? Le Courrier de la Nature 277 : 30-36.
MILLERIOUX M., DEJEAN T., MIAUD C. & ARTOIS M. 2012 - Les infections à Ranavirus chez les
amphibiens. Bulletin de la Société Herpétologique de France 141: 23-46.
NSW National Parks and Wildlife Service (2001). Hygiene protocol for the control of disease in
frogs. Information Circular Number 6. NSW NPWS, Hurstville NSW
(www.npws.nsw.gov.au/wildlife/licence/frog.html).
MIAUD C., 2014 - Protocole d’hygiène pour le contrôle des maladies des amphibiens dans la
nature à destination des opérateurs de terrain. Agence de l’Eau Rhône-Méditerranée-Corse,
Université de Savoie et Ecole Pratique des Hautes Etudes (Eds), 7 p.
9