unknown - Communauté d'agglomération - Pays Basque - OJ 33 1. Contrat recherche microalgue Ostreopsis

Documents similaires

unknown - Communauté d'agglomération - Pays Basque - OJ 20

unknown - Communauté d'agglomération - Pays Basque - OJ 49

unknown - Communauté d'agglomération - Pays Basque - OJ 99

unknown - Communauté d'agglomération - Pays Basque - OJ 33 A

unknown - Communauté d'agglomération - Pays Basque - OJ 08

unknown - Communauté d'agglomération - Pays Basque - OJ 32

unknown - Communauté d'agglomération - Pays Basque - OJ 24

unknown - Communauté d'agglomération - Pays Basque - OJ 04

unknown - Communauté d'agglomération - Pays Basque - OJ 19

unknown - Communauté d'agglomération - Pays Basque - OJ 10

unknown - Communauté d'agglomération - Pays Basque - OJ 33 1. Contrat recherche microalgue Ostreopsis Document publié le Dimanche 1 janvier 2023 Lien du pdf (unknown - Communauté d'agglomération - Pays Basque - OJ 33 1. Contrat recherche microalgue Ostreopsis)Thèmes du document : Télécommunications et internet, Propriété intellectuelle et industrielle, Industrie, G1S /,

BASQUE ET]

= PaYs

/ Basque

eUSKAL

HERRIA

COMMUNAUTÉ

D'AGGLOMEÉRATION

HIRIGUNE

ELKARGOA

COMUNAUTAT

D'AGLOMERACION

CONTRAT DE RECHERCHE

SUIVI DE LA DYNAMIQUE DE LA

MICROALGUE

OSTREOPSIS SPP. ET MISE EN OEUVRE

D’UN OUTIL D’ANTICIPATION POUR LA

GESTION PREVENTIVE DES PLAGES SUR

LE LITTORAL BASQUE

Date 17 JANVIER 2023

N° de version V1Entre

La COMMUNAUTE D’AGGLOMERATION DU PAYS BASQUE,

dûment représentée par son Conseiller délégué, habilité à conclure la présente convention par délibération du Conseil permanent du 21 mars 2023, ci-après désignée par « Communauté d’Agglomération »,

D’une part,

Et

RIVAGES PRO TECH – SUEZ Eau France,

dûment représentée par le Directeur du pôle Mer et Milieux aquatiques de Suez, dont dépend RIVAGES PRO TECH, ci-après désignée par « RPT »,

Et

IFREMER,

dûment représenté par son Président Directeur Général,

ci-après désigné par « IFREMER»,

D’autre part,

Il est convenu ce qui suit,Contexte et objectifs

Le littoral basque regroupe un ensemble de plages parmi les plus touristiques de la côte Atlantique

européenne qui accueille chaque été plus de 1 million de personnes. Il constitue un linéaire de plus de

100 km de côte, de part et d’autre de la frontière, majoritairement rocheux et abrite un patrimoine

naturel remarquable, notamment du point de vue de la biodiversité.

A la suite des cas d’intoxications de promeneurs du littoral dès septembre 2020, la Communauté

d'Agglomération Pays Basque (CAPB) a mandaté l’IFREMER pour que des analyses soient conduites

dans les zones de baignade (colonne d’eau) et sur l’estran. Ces analyses ont révélé l’efflorescence

d’une microalgue appartenant au genre Ostreopsis, connue pour engendrer ce genre de troubles ORL,

notamment en Méditerranée.

Les dinoflagellés benthiques épiphytes du genre Ostreopsis (Classe Dinophyceae, Ordre Gonyaulacales,

Famille Ostreopsidaceae) colonisent les macroalgues et les rochers d’écosystèmes côtiers. Certaines

espèces du genre, dont Ostreopsis cf. ovata, produisent des toxines analogues à la palytoxine.

Présentes dans les agrégats flottants et dans les aérosols dispersés par les vents, ces toxines sont

susceptibles d’affecter la santé des promeneurs et des baigneurs, aux niveaux respiratoire et/ou

cutané. Par ailleurs, ce genre est suspecté d’être impliqué dans des mortalités d’invertébrés

benthiques, échinodermes notamment, mais également mollusques et crustacés.

En août 2021, dès les premiers signalements de symptômes ORL affectant les usagers des plages, la

Communauté d'Agglomération a contractualisé avec IFREMER et RIVAGES PRO TECH pour que des

analyses soient réalisées au cours de la saison estivale sur 7 plages de la côte basque française.

En 2022, un contrat de recherche a été signé entre la Communauté d'Agglomération, IFREMER et

RIVAGES PRO TECH pour un suivi accru, le développement d'analyses moléculaires pour rendre plus

rapides et qualitatives les résultats et enfin la constitution d’une base de données océano-climatiques sur 10 ans et l’analyse statistique pour évaluer les corrélations de paramètres avec la recrudescence

d’Ostreopsis dans les eaux de baignade.

Une communication régulière des résultats a été faite tout au long de l'été : des réunions

hebdomadaires avec les communes et les services sanitaires pour présenter les résultats et les

remontées sanitaires, et auprès du grand public avec la mise à disposition des résultats des analyses

conduites dans les eaux de baignades sur le site de la Communauté d'Agglomération. Par ailleurs, en

période de bloom, une notification était activée sur l’application numérique gratuite Kalilo.

Ainsi, dans la continuité de ce qui a été fait, et dans l’attente de la mise en œuvre du programme de

recherche à partir de 2024, ce contrat de recherche permet de poursuivre l’effort collectif de

caractérisation et quantification du phénomène et de rendre plus performantes les analyses conduites.

Pour répondre à cet objectif général, le présent projet vise à :

1. poursuivre l’acquisition des mesures in situ représentatives de la présence d’Ostreopsis spp ;.

2. améliorer la performance des analyses basées sur la biologie moléculaire en laboratoire permettant d'accéder à l'identification de l’espèce avec une quantification fiable et rapide, en

poursuivant et adaptant les développements de technologies déjà existantes (qPCR et

séquençage génétique) ;

améliorer la robustesse du protocole de suivi d’Ostreopsis spp. ;

4. améliorer la performance des indicateurs hydro-climatiques et opérationnaliser le suivi des

niveaux de vigilance.

wArticle 1 — Définitions

Pour les besoins du présent Contrat, constitué des présentes et de ses annexes, les termes suivants

ont le sens défini ci-après :

"Programme" :

Le terme « Programme » désigne les travaux de recherche incombant aux Parties, au titre du présent

Contrat. Le détail de ces travaux est défini en Annexe 1 au présent Contrat.

“Connaissances Propres" :

Le terme « Connaissances Propres » recouvre tout élément, obtenu par l’une ou l’autre des Parties

antérieurement à ou indépendamment des travaux entrepris dans le cadre du Programme,

notamment les connaissances, expériences, informations techniques, savoir-faire, méthodes,

procédés, appareils, prototypes, logiciel, matériel, ou autres, qu'ils soient ou non protégés ou protégeables par un droit de propriété intellectuelle, industrielle ou autres, ainsi que les éventuelles

améliorations générées dans le cadre du présent Contrat.

“Informations Confidentielles"

Le terme « Informations Confidentielles » recouvre toutes informations, données, connaissances, tous

échantillons, modèles, méthodes ou procédés, savoir-faire scientifiques et/ou techniques, qu'ils soient ou non protégés ou protégeables par un droit de propriété intellectuelle, ainsi que tous

renseignements relatifs à des affaires financières, à des programmes commerciaux, au personnel, à la

rémunération, à la stratégie, aux contrats, aux actifs, aux clients et aux concurrents, de même que les

Connaissances Propres, les Résultats rendus accessibles à l'une des Parties, soit au cours d'entretiens,

de réunions, soit par la remise de documents, courriers ou copies.

"Résultat" :

Le terme « Résultat » désigne tout élément résultant du Programme, de quelque nature et sous

quelque forme que ce soit, notamment ensemble des informations, prototypes, connaissances,

expériences, informations techniques, méthodes, procédés, savoir-faire ou autres qu’ils soient ou non

protégés ou protégeables par un droit de propriété intellectuelle, industrielle ou autres.

Article 2 — Objet du contrat

Le présent Contrat, passé par référence à l’article L. 2512-5 du code de la commande publique, vise à

suivre la présence d’Ostreopsis spp., à améliorer la qualité et la rapidité des méthodes d'analyse et à

déployer un outil d'anticipation des niveaux de vigilance pour améliorer la gestion préventive des

usages littoraux.

1. Acquérir des mesures in situ représentatives de la présence d’Ostreopsis spp. sur le territoire

et poursuivre le dispositif de surveillance sur la côte basque Nord (Iparralde) permettant :

a. de suivre la saisonnalité de sa présence sur le littoral en fonction des conditions hydro-

climatiques et ainsi identifier la période à risque pour prévenir des cas d'intoxication ;

b. de suivre sa dynamique sur une fréquence hebdomadaire à trois fois par semaine dans

les eaux de baignade en période de bloom ;2.

c. de suivre l’apparition de fleur d’eau d’Ostreopsis (formant des agrégats ou floconstrès

caractéristiques) sur tout le littoral basque via la mise en place d’un réseau d’observateurs citoyens.

Poursuivre la mise au point des méthodes de biologie moléculaire en laboratoire initiées dans

le contrat de recherche 2022 ; permettant d'accéder à l'identification des deux espèces

d'Ostreopsis présentes sur le littoral basque avec une quantification fiable et rapide :

a. amélioration de la performance de la quantification sur la base des cultures

d’Ostreopis cf. siamensis et cf. ovata existantes et tests sur échantillons in situ de la

méthode qPCR {Penna et al., 2007 et Drouet et al. 2021);

b. estimation de la proportion des deux espèces d’Ostreopsis dans les échantillons in situ

par identification de cellules individuelles via la PCR multiplex (Geffroy et al . 2023).

Améliorer le protocole de suivi en évaluant les sources de variabilité de l'estimation de

l’abondance d’Ostreopsis dans les eaux de baignade :

a. évolution des concentrations d'Ostreopsis spp. dans les eaux de baignade

d’Erromardie en fonction du cycle de marée, du support utilisé (macroalgues vs.

support artificiel) et du point de prélèvement sur la plage ;

b. évolution des concentrations d'Ostreopsis spp. sur les macroalgues en fonction de la

bathymétrie (sites : Abbadia et Guéthary).

Améliorer la performance de l'indicateur de vigilance basé sur les facteurs hydro-climatiques

et opérationnaliser l'outil :

a. mise à jour de la base de données hydro-climatique avec les données 2022.

Comparaison des prévisions de l’outil aux mesures 2022 ;

b. amélioration de l'indicateur de vigilance : prise en compte de nouveaux paramètres,

optimisation et tests ;

c. opérationnalisation de l'outil : transfert de l’algorithme sous AQUADVANCED® pour

un pilotage en temps réel et configuration d’une vue dédiée sur le portail web de

Gestion Active des eaux de baignade.

Article 3 — Ressources mobilisées

Les ressources mobilisées par IFREMER et RIVAGES PRO TECH dans le cadre du présent contrat de

recherche sont :

une équipe d’agents-préleveurs des laboratoires Environnement Ressources d’Arcachon-

Anglet (LER-AR) d'IFREMER, de l’équipe de la Direction Littoral et milieux naturels de la

Communauté d'Agglomération et de l’équipe des préleveurs d'eaux de baignade de RIVAGES

PRO TECH;

le personnel du laboratoire de RPT spécialisé en techniques de biologie moléculaire et formé

à l'identification d'Ostreopsis spp. par microscopie ;

les spécialistes en taxinomie et en écologie d’IFREMER des laboratoires de recherche basés au

LER-AR, au Laboratoire de physiologie des microalgues (PHYSALG) de Nantes, au laboratoire

Environnement Ressources Bretagne Occidentale (LER-BO) et au Laboratoire d’Ecologie

Pélagique (Pelagos) de l’IFREMER.MANCHE

MER DU NORD

(BOULOGNE-SUR-MER)

Laboratoire d'Ecologie Pélagique

(Pelagos)

Laboratoire Envionnement Ressources Concarneau

Bretagne Occidentale (LER-BO)

Laboratoire physiologie des microalgues

(PHYSALG) Bouin

[ RANÉE Laboratoire Envionnement Ressources

Arcachon-Anglet (LER-AR)

se @:: @Stations © Implantations

− L’expertise locale RPT composée de docteurs en microbiologie, biologie moléculaire, mathématiques appliquées et océanographie côtière,

Les compétences et les références des deux partenaires sont décrites dans l’annexe de présentation des partenaires.

D’autres équipes de recherche sont mobilisées dans le cadre d’un comité de suivi scientifique, chargé de suivre la mise en œuvre du contrat de recherche et préparer le programme de recherche, en particulier :

- le Laboratoire d’Océanographie de Villefranche sur mer LOV fort de ses vingt ans d’expérience du risque sanitaire lié à la présence d’Ostreopis cf. ovata sur les côtes méditerranéennes, de l’expertise en Dinoflagellés planctoniques, et des toxines dans les aérosols ;- l’université du Pays Basque EPV/EHU et les équipes de la station marine de Plentzia

notamment engagées dans les travaux scientifiques révélant la présence d’Ostreopsis cf. siamensis sur la côte atlantique et également dans la surveillance de l’eutrophisation et des

algues marines toxiques;

- la fondation AZTI engagée dans la surveillance des macroalgues sur la côte basque Sud

(Hegoalde) en application de la Directive Européenne pour Ura (Agence de l’eau Pays basque)

et dans la modélisation numérique appliquée au transport du phytoplancton et l'acquisition

de mesures in-situ ;

- l’université de Pau et des pays de l’Adour et le laboratoire IPREM, Institut de sciences

Analytiques et Physico-chimie pour l'Environnement et les Matériaux, missionné pour le suivi

SOMLIT et par son expertise en chimie et la capacité analytique du laboratoire (molécules

toxiques eau/air).

La poursuite du dispositif de surveillance en 2023 sur la côte basque Nord (Iparralde) et les actions que

portent par ailleurs les parties prenantes sur le Pays basque Sud (Hegoalde) permettent de nourrir

l’action transfrontalière portée par le GIS Littoral Basque afin d'assurer à terme une cohérence et une

efficacité opérationnelle adapté à la présence d’Ostreopsis spp. sur l’ensemble du territoire basque.

Article 4 - Domaine du contrat

« Suivi de la dynamique de la microalgue Ostreopsis spp. sur le littoral basque et mise en œuvre d’un

outil d'anticipation pour la gestion préventive des plages sur la côte basque »

Aucune des stipulations du présent Contrat ne saurait être interprétée comme créant des droits et obligations en dehors du domaine du Contrat tel que défini dans le présent article.

Article 5 — Réalisation du programme

Pour la réalisation du Programme, chacune des parties nomme un responsable de projet© Sonde T°C

suel/B mensuel

LM riz | cs

… Villa pers Pa ‘à

@ Hebdo (2 à 3/sem.) |

Prélèvements | Dénombrement

RES

0127)"

Jumeaux Erromardie

Parlementia TER

TEE

Prélèvements mensuels/bimensuels . . | Macroalgue ffremer _.

lors des marées de vives eaux ACUEUe +eau CAPB/RPT nb

RPT = Rivage Pro Tech SE ee

@ = signalements par CAP/ARS > 30 000 3 fois par ss li Le ou >10000+® semaine

Le résumé du dispositif de suivi envisagé pour la saison 2023 figure ci-après :

Le programme de recherche est détaillé dans l’annexe scientifique et technique. Cette annexe détaille les différents protocoles de prélèvement et d’analyses, ainsi que les développements et tests à finaliser pour parvenir à l’identification de l’espèce.

Le phasage des différents objectifs de recherche sont résumés dans le planning du projet ci-après.

Les résultats de recherche sont constitués de :

- résultats d’analyses, interprétation et rapport sur les performances du dispositif de surveillance 2023 ;

- quantification et identification de l’espèce Ostreopsis cf. siamensis et cf. ovata, performance des méthodes d’analyses (qPCR et séquençage par PCR multiplex) et applications en conditions réelles ;

- déploiement de l’indicateur de vigilance sur la base du suivi des paramètres hydro- climatiques.Article 6 — Planning, Réunions, livrables

Le délai de réalisation prévu est de 12 mois. Le calendrier ci-après présente les différentes étapes du

projet.

Planning prévisionnel pour la réalisation des campagnes de prélèvements :

JFMAMIJASOND

[Mettre au point des méthodes de biologie moléculaire pour identifier et quantifier Ostreopsis

Réunions / Rapports

Un comité de pilotage est mis en place sous l’animation du GIS. Il réunit les élus, techniciens, co-

financeurs et acteurs du projet. Une réunion de lancement est organisée dès la signature de la présente

convention. Elle est l’occasion de présenter les objectifs et le contenu du programme.

Tout au long du projet, la coordinatrice du GIS Littoral basque assure l’animation et le suivi des actions

et du budget associé. Des réunions de travail sont organisées mensuellement avec les responsables

scientifiques du projet. Ces réunions techniques visent au bon déroulement du projet. Par ailleurs, des réunions sont organisées hebdomadairement, entre juin et septembre, avec les partenaires du projet,

les techniciens et élus des communes littorales et les représentants des organismes sanitaires.

L'Agence de l’eau, la Région Nouvelle-Aquitaine et l’ARS sont tenus informées régulièrement de

l’avancée du projet et des résultats.

A l'issue du projet une présentation des résultats est faite en comité de pilotage, aux élus, techniciens, co-financeurs et membre du comité de suivi. Un bilan est également présenté en conseil de

groupement du GIS afin de discuter des résultats, de présenter les enseignements du dispositif et les

axes d'amélioration à envisager pour les travaux de recherche ultérieurs.

Les livrables sont constitués :

- d’un rapport de bilan des analyses conduites en 2023 et leur interprétation vis-à-vis de la

dynamique d’Ostreopsis sur le littoral basque ;

- d'un rapport de présentation du protocole d'analyse moléculaire, des améliorations apportées

et résultats 2023.

IFREMER et RIVAGES PRO TECH se concertent pour la réalisation des livrables, qui sont remis en deux

exemplaires papiers et un exemplaire numérique à la Communauté d'Agglomération avec une

présentation pédagogique dédiée aux élus et techniciens, à réaliser en support en complément du

rapport.

Article 7 - Modalités financières

Contribution financière

Le budget prévisionnel total de la convention est estimé à 351 300 € HT ou 421 560 € TTC sur 12 mois.Les contributions des différents partenaires sont réparties sur 12 mois de la façon suivante :

La Communauté d’Agglomération verse le montant de sa contribution de : ▪ 96 175 € HT (115 410 € TTC) à l’IFREMER ;

▪ 157 000 € HT (188 400 € TTC) à RIVAGES PRO TECH ;

sur présentation de factures.

Selon les modalités suivantes :

• 40% au démarrage du projet :

o Soit un versement de la Communauté d’Agglomération à l’IFREMER de 38 470 € HT

(46 164 € TTC) et de 62 800 € HT (75 360 € TTC) à RIVAGES PRO TECH ;

• Solde à la remise des livrables suivants : rapport d’analyses IFREMER et rapport final RPT

(analyses de performance des analyses qPCR et validation des seuils de vigilance) : o Soit un versement de la Communauté d’Agglomération à l’IFREMER de 57 705€ HT (69 246 € TTC) et de 94 200 € HT (113 040 € TTC) à RIVAGES PRO TECH.

Plan de facturation

% Date Livrable et

Facture N°

Total projet Part IFREMER Part RIVAGES PRO TECH

Montant

HT

Montant

TTC

Montant

HT

Montant

TTC

Montant

HT

Montant

TTC

40 01/04/23 101 270 121 524 38 470 46 164 62 800 75 360

60 30/12/23 Solde à la

remise des

rapports

finaux :

rapport

d’analyses

IFREMER,

rapport

final RPT

(analyses

de

performan

ce des

analyses

qPCR et

validation

des seuils

de

vigilance)

151 905 182 286 57 705 69 246 94 200 113 040

100 253 175 303 810 96 175 115 410 157 000 188 400-

-Article 8 - Confidentialité - Publications

Obligation de confidentialité

Les Parties s'engagent à considérer comme strictement confidentielles, et, en conséquence à ne pas

divulguer ou communiquer de quelque façon ou sous quelque forme que ce soit les Informations

Confidentielles dont elles pourraient avoir connaissance à l’occasion de l’exécution du présent Contrat,

tant que lesdites informations ne seront pas tombées dans le domaine public, sous réserve des

dispositions prévues par le paragraphe « publications » ci-dessous.

La présente obligation de confidentialité s'applique à toutes Informations Confidentielles ayant trait à

l’ensemble des activités des Parties, et plus spécifiquement, aux activités de recherche des Parties, que

celles-ci soient liées à l'organisme d'accueil ou non.

Les Parties s'engagent à faire respecter par leurs personnels, l’ensemble des engagements contenus

dans le présent Article 8.

Publications

Toute publication ou communication d'informations, relatives aux Résultats par l’une ou l’autre des

Parties, doit recevoir, pendant la durée du présent Contrat et les dix ans qui suivent son expiration,

l'accord des autres Parties qui feront connaître leur décision dans un délai maximum de deux mois à

compter de la demande ; passé ce délai et faute de réponse, l’accord sera réputé acquis.

En conséquence, tout projet de publication ou communication est soumis pour avis aux autres Parties

qui peuvent modifier certaines précisions dont la divulgation serait de nature à porter préjudice à

l'exploitation industrielle et commerciale, dans de bonnes conditions, des résultats, sans que de telles

modifications ne puissent porter atteinte à la valeur scientifique de la publication.

Toute diffusion, publication ou communication d'informations, relative aux Résultats, doit mentionner le concours apporté par chacune des Parties à la réalisation des Travaux, à moins que l'une d'entre

elles ne s'y oppose par écrit.

Il est entendu que toute utilisation ultérieure des outils développés dans le cadre de cette convention

par l’une des Parties est libre de droit; les parties doivent cependant s'informer entre elles de

l’utilisation des outils.

Les données publiques sont mutualisées conformément à la directive INSPIRE. Pour chaque jeu de

données transmis à l’issue de l’étude, une fiche de métadonnées correspondante est renseignée

conformément au Contrat de la plateforme des données du GIS et la Convention Constitutive du GIS.

Exclusions

Ne sont pas considérées comme confidentielles les informations qui, preuve écrite pouvant être

produite :

- seraient dans le domaine public à la date de leur communication ou qui seraient mises dans le domaine public par un tiers de bonne foi ;

- seraient déjà connues de la Partie les recevant à la date d'entrée en vigueur du présent Contrat ;- seraient transmises en raison d’une loi ou d’une réglementation applicable obligeant l’une des Parties

à les divulguer ;

- devraient être transmises à la demande d’une juridiction légalement compétente enjoignant à l’une

des Parties de les divulguer. Dans ce cas, la Partie faisant l’objet d’une telle mesure devra en avertir,

dans les plus brefs délais, les autres Parties, de façon qu’elles puissent s’y opposer le cas échéant.

Dispositions particulières

Les dispositions du présent article ne peuvent faire obstacle à l’obligation qui incombe aux chercheurs

participant à l’exécution du Programme de produire un rapport d'activité à l'établissement dont ils

relèvent, dans la mesure où cette communication ne constitue pas une divulgation au sens des lois sur

la propriété industrielle.

Article 9 — Propriété intellectuelle

Connaissances Propres

Les Connaissances Propres appartenant à chacune des Parties restent leurs propriétés respectives. Les

autres Parties ne reçoivent sur les brevets et le savoir-faire correspondant aucun droit du fait du

présent Contrat.

Résultats issus du Programme

La Communauté d'Agglomération Pays Basque, IFREMER et RIVAGES PRO TECH sont conjointement

propriétaires des Résultats générés dans le cadre du Programme.

En conséquence, la Communauté d'Agglomération Pays Basque, IFREMER et RIVAGES PRO TECH

partagent la propriété des droits sur les Résultats, et, sur l'ensemble des documents préparatoires ou

autres relatifs auxdits résultats tels que notamment le rapport rédigé à l'issue du programme de

recherche ou les bilans intermédiaires d'analyse.

Cette répartition porte sur l'intégralité des droits de reproduction, représentation, utilisation,

intégration en tout ou partie, avec ou sans modification, d'adaptation, d'interface, sous quelque forme

que ce soit, des études, documents, dossiers et éléments précités, sur tous supports, magnétique ou

autre et notamment disques, bandes, vidéogramme ou par tous moyens de diffusion en réseau ou par voie hertzienne, pouvant être utilisés en l’état ou être intégrés, avec ou sans modification, tant en

France qu’à l'étranger, et ceci pour toute exploitation, notamment industrielle et commerciale, pour

la durée légale de protection des droits et pour le monde entier.

La Communauté d'Agglomération Pays Basque, IFREMER et RIVAGES PRO TECH s'engagent à faire

respecter les présentes dispositions par l’ensemble de leurs agents, employés et préposés, et à

prendre toutes dispositions nécessaires auprès de ces derniers.

Tous les livrables et résultats issus du projet, sous réserve d’accord entre les parties, sont livrés sous

formats numériques afin d'être mutualisés au sein de la plateforme du GIS Littoral Basque en cours de

développement (données brutes sur la plateforme et rédaction de fiches de métadonnées).A l'issue du contrat de recherche, les Parties décideront des modalités de protection à accorder aux

résultats. Les résultats communs produits pourront faire l’objet d’un accord de coopération permettant de prévoir les modalités d'utilisation des résultats communs à des fins de recherche et/ou d'utilisation

industrielle et commerciales. Cet accord définira les modalités des droits de propriété intellectuelle, la

valorisation et la protection des résultats, le domaine d’exclusivité éventuel, les droits d'exploitation et

leur étendue géographique.

Article 10 — Exploitation des résultats

La propriété des résultats étant partagée entre les parties, le principe retenu pour leur utilisation est

celui du libre accès et de la libre disposition, nonobstant le respect des clauses de la présente

convention et l'obligation donnée à l'utilisateur des résultats, d'en informer les autres Parties.

Article 11 - Responsabilité

Chaque Partie fait son affaire, chacune en ce qui la concerne, des dommages de toute sorte, tels que

notamment les dommages corporels, matériels ou immatériels, causés par leurs actes et/ou leurs

biens et/ou leurs personnels, aux tiers dans le cadre du présent Contrat et de toutes réclamations et

actions en justice afférentes.

D'accord entre les Parties, le présent Contrat constitue une obligation de moyens pour les Partenaires

et non une obligation de résultat au sens de la jurisprudence.

Chacune des Parties s'engage à maintenir ou, à souscrire si besoin est, les assurances nécessaires pour

se garantir contre tous les risques restant à sa charge au titre du présent Contrat.

Article 12 - Durée

Le présent Contrat prend effet le jour de la signature de la convention pour une durée de 12 mois.

Les articles 8, 9 et 10, ainsi que toute autre disposition du présent Contrat ayant vocation à s'appliquer

après sa terminaison ou sa résiliation, demeureront en vigueur :

- pour l’article 8, pour la durée indiquée par ledit article ;

- pour les articles 9 et 10, pour la durée des droits concernés.

Article 13 - Résiliation

Résiliation pour inexécution d’une obligation

Le présent Contrat peut être résilié de plein droit par l’une des Parties en cas d’inexécution par une

autre d’une ou plusieurs des obligations contenues dans ses diverses clauses.

Cette résiliation ne devient effective que deux mois après l’envoi par la Partie plaignante d’une lettre

recommandée avec accusé de réception exposant les motifs de la plainte, à moins que, dans ce délai,

la Partie défaillante n'ait satisfait à ses obligations ou n’ait apporté la preuve d’un empêchement

consécutifà un cas de force majeure.L'exercice de cette faculté de résiliation ne dispense pas la Partie défaillante de remplir les obligations

contractées jusqu’à la date de prise d'effet de la résiliation.

Dans ce cas, la participation financière des parties présentes sera calculée sur la base des rapports

d'avancement prévus dans l’article 7 du présent contrat.

Résiliation par accord mutuel

À tout moment, les Parties peuvent s'entendre pour mettre fin de façon anticipée au présent contrat.

Elles décident alors, d'un commun accord, des conditions de l'arrêt du Programme et, le cas échéant,

des compensations dues aux autres Parties par celle cessant la collaboration.

Article 14 — Loi applicable - Litiges

Les Parties s'efforcent de régler leurs différends à l'amiable. En cas de désaccord persistant, le tribunal

administratif est saisi.

Article 15 — Dispositions diverses

Le présent contrat étant conclu intuitu personae, aucune des Parties ne peut transférer le présent

contrat à un tiers sans le consentement préalable des autres Parties.

Aucune renonciation de l’une ou l’autre des Parties à se prévaloir de l’un quelconque de ses droits

conformément aux termes du Contrat, ne saurait constituer une renonciation pour l’avenir auxdits droits.

Si l’une quelconque des stipulations du présent Contrat est nulle au regard d’une règle de droit, elle

est réputée non écrite sans entraîner la nullité du Contrat dans son ensemble.

Le Contrat ne peut être modifié que d’un accord commun matérialisé par la signature d’un avenant par les représentants autorisés des Parties.

Fait à ,le…

En trois exemplaires originaux

Pour la Communauté d'Agglomération Pays Basque,Pour l’IFREMER,

Pour RIVAGES PRO TECH,Annexe scientifique et technique

Tâche 1 : déploiement du dispositif de suivi sur Ostreopsis

Les sites qui feront l’objet de prélèvements mensuels et bimensuels sont les mêmes que ceux de 2022, à savoir, du sud au nord : Hendaye Deux Jumeaux, Saint-Jean-de-Luz Erromardie, Bidart Parlementia et Biarritz Villa Belza. Les prélèvements se feront à basse mer, selon un planning établi en fonction des coefficients de marée. La fréquence sera :

- Mensuelle, tant que la concentration d’Ostreopsis spp. dans l’eau est <1000 cel./L - Bimensuelle, tant que la concentration d’Ostreopsis spp. dans l’eau est ≥1000 cel./L

Comme en 2022, le protocole de prélèvement se base sur celui détaillé dans les travaux de Jauzein et al. 2018 :

- Les prélèvements d’eau de mer (flacon 500ml) :

o Plonger le flacon ouvert, à l’envers dans l’eau

o Amener le flacon à environ 30 cm au-dessus des macroalgues

o Renverser le flacon pour le remplir d’eau et le refermer sous l’eau

o Hors de l’eau fixer l’échantillon au lugol

- Les prélèvements de macroalgues (flacon 250 ml) :

o Plonger le flacon ouvert, à l’envers dans l’eau

o Placer le flacon sur la macroalgue sélectionnée (cibler une ou deux espèces représentatives du site)

o Couper un fragment (5-10g) de macroalgue dans le flacon tout en penchant le flacon pour y faire rentrer l’eau, puis refermer le flacon sous l’eau.

o Hors de l’eau fixer l’échantillon au lugol (permet de décrocher les cellules d’Ostreopsis tout en les colorants pour l’observation microscopique)

- Conserver les échantillons à 4°C et à l’obscurité jusqu’au laboratoire

La nouveauté par rapport au protocole de 2022 est que, sur chaque site, un prélèvement d’eau de mer

supplémentaire sera réalisé sur le point où les prélèvements d’eau ont lieu l’été pour les analyses

bactériologiques. L’objectif est de voir si les différences sont significatives ou non entre les deux points

de prélèvements sur un même site, afin, selon les conclusions, de mutualiser à l’avenir les

prélèvements avec ceux du suivi microbiologique en période estivale.

Également, afin de suivre l’apparition de fleur d’eau d’Ostreopsis (agrégats ou flocons très

caractéristiques formant des nappes à la surface de l’eau), nous allons déployer le réseau Phenomer,

un projet de science participative exploratoire qui invite les citoyens à signaler des phénomènes d'eaux

colorées dus aux proliférations de microalgues, au travers d’une application smartphone (https://www.phenomer.org/Actualites/Actualites/Telechargez-l-application-smartphone-

Phenomer). À partir des signalements, l’équipe de permanence Phenomer de l’Ifremer pourra

organiser des prélèvements d’échantillons d’eau de mer et les analyser, afin d’étudier la présence et

l’abondance des cellules d’Ostreopsis. Des kits de prélèvement pourront également être distribués

auprès de structures-relais bénévoles (particuliers, services de mairie, postes de secours, etc.). Ces kits

permettent d’effectuer simplement un prélèvement d’eau et de l’envoyer à l’Ifremer via une enveloppe prépayée en 24h. Les sciences participatives augmentent considérablement les chances de

détecter ces phénomènes souvent localisés et de courte durée, elles constituent une aide essentiellepour permettre d’obtenir rapidement des échantillons de ces fleurs d’eau et de mieux comprendre

quels sont les risques sanitaires associés à ce genre de phénomène.

Pour le comptage par analyses microscopiques :

- Échantillon d’eau lugolé

• Comptage au microscope inversé (à épi-fluorescence) selon méthode Utermöhl

• Adapter le volume à la concentration en phytoplancton

• Résultat : nombre de cellules d’Ostreopsis spp. par litre (cel./L)

- Échantillon de macroalgue lugolé

• Préparer de l’eau de mer filtrée (Whatman GF/F)

• Préparer un flacon de 500 ml + entonnoir + tamis de 500μm

• Secouer le flacon contenant la macroalgue pendant 10 s et le verser sur le tamis

• Remettre la macroalgue dans le flacon et ajouter ~150 ml d’eau de mer filtrée

• Secouer de nouveau pendant 10 s et vider le flacon sur le tamis (à faire 2 fois)

• Mesurer précisément le volume total d’eau récupéré

• Essuyer la macroalgue avec du papier absorbant et la peser

• Comptage au microscope inversé (à épi-fluorescence) selon méthode Utermöhl

• Résultat : nombre de cellules d’Ostreopsis spp. par gramme de poids frais (cel./gPF).

En fonction des résultats de cette surveillance, dont les résultats seront disponibles en 48 h, un suivi renforcé sera mis en place sur les eaux de baignade de ces quatre sites plus celui de Guéthary Cenitz. Le suivi d’Ostreopsis spp. sera réalisé dans la colonne d’eau uniquement, à une fréquence : - Bi-hebdomadaire, lorsque la concentration d’Ostreopsis spp. est ≥ 10.000 cel./L ou lorsque des cas symptomatiques sont signalés ;

- 3 fois par semaine, lorsque la concentration dépasse les 30.000 cel./L.

Les prélèvements seront réalisés en simplicat autour de la marée basse. Sur chaque site, 1L d’eau de mer sera prélevé et transporté dans une glacière avant son traitement au laboratoire de RPT.

Le mode opératoire pour la réalisation des prélèvements dans la colonne d’eau est celui de référence pour les eaux de baignade relatif aux prescriptions des normes NF EN 5667-1, 2 et 3 ; NF EN ISO 19458 : les échantillons sont prélevés sous la surface (entre -20 et -30 cm) dans une colonne d’eau profonde de 1 à 1,5 m. Chaque prélèvement fera l’objet d’une observation in-situ, nécessaire pour l’interprétation des résultats. Les observations de terrain seront adressées au laboratoire via notamment une fiche de terrain qui mentionnera :

- La date et l’heure de prélèvement,

- L’identité complète des agents préleveur,

- La température de l’eau

- Toute observation supplémentaire sur les conditions environnementales au moment du prélèvement : présence de matériaux flottants, rejets, organismes morts, odeurs, couleur particulière de l’eau, écoulement d’eau douce, fleur d’eau, mucilage … et tout autre élément pouvant altérer la qualité du prélèvement. Toute anomalie concernant les observations sera signalée au laboratoire qui pourra alors prendre les dispositions appropriées.

Chaque prélèvement fera l’objet d’une analyse microscopique sur un sous-échantillon fixé au lugol et d’une analyse en qPCR sur le volume restant (méthode décrite en Phase 2) permettant de déterminer les abondances à l’échelle du genre Ostreopsis et à l’échelle spécifique pour O. cf. siamensis et O. cf. Ovata.Un prélèvement d’avant saison (date à déterminer, probablement en avril) ainsi qu’un prélèvement d’après saison (date à déterminer, probablement en novembre) seront également réalisés et analysés par microscopie et qPCR afin d’évaluer le bruit de fond présent en qPCR, hors saison estivale.

Par ailleurs, des analyses de nappes pourront également être réalisées en cas de présence. La méthode qPCR sera testée sur ce type d’échantillons présentant de fortes charges en Ostreopsis et comparée à la microscopie.

Tâche 2 : Poursuivre les développements des analyses qPCR pour accéder à l’identification de

l’espèce avec une quantification fiable et rapide

2.1 Amélioration de la performance de la quantification par méthode qPCR

- Au cours du suivi 2022, les protocoles d’extraction d’ADN et de qPCR développés et publiés

par l’Ifremer ont servi de point de départ pour le suivi moléculaire d’O. cf. siamensis et O. cf.

ovata (Drouet et al., 2021). A partir de ces références, l’objectif était de déterminer des

gammes d’équivalence cellulaire permettant de quantifier précisément l’abondance de

chaque espèce et leur proportion pour un échantillon donné. Dans un premier temps, des

gammes de plasmides ont été mises en place et validées pour les cibles O. cf. siamensis et O.

cf. ovata dans le but de déterminer la quantité totale de copies d’ITS relative à chacune des

cibles (genre et espèces). Pour la correspondance cellulaire, différentes méthodes de dilution

ont été expérimentées pour obtenir des gammes cellulaires représentatives des comptages

par microscopie. Les résultats n’ont pas été aussi concluants qu’attendus, notamment à cause

de la proportionnalité entre chaque dilution qui n’était pas respectée. Pour cette raison, un

nombre de copie moyen a été déterminé pour chaque espèce en considérant la gamme

cellulaire la plus inclusive des biais expérimentaux. Tous les échantillons, triplicats inclus, ont

ainsi étaient normalisés ; par 6,2E+03 copies.cellule-1 pour O. cf. siamensis et par 8,4E+03

copies.cellule-1 pour O. cf. ovata. Des proportions ont pu être déterminée pour chacune d’elle.

Ces premiers résultats sont cependant à considérer avec précaution et nécessitent une

validation. Par ailleurs, ces premières observations ont permis d’émettre l’hypothèse sur

l’existence d’un problème de rendement de l’ADN extrait induit par le protocole d’extraction

de référence. Des nouveaux axes de travail se dessinent pour améliorer et fiabiliser l’utilisation

de cet outil moléculaire.

- Améliorer la phase de lyse

A ce jour, la lyse enzymatique est la méthode privilégiée par le protocole d’extraction d’ADN actuel.

Elle combine l’action d’un détergent avec du lysozyme et de la protéinase K, qui sont incubés à 56°C

sous agitation pendant 2 heures. Lors du suivi 2022, de nombreuses lyses incomplètes ont été

observées dans le cas d’échantillons dits « difficiles » (forte turbidité, nombreux débris). Des premiers

essais ont été menés pour obtenir une lyse plus performante. La lyse mécanique se présente comme

une option à envisager, notamment car elle est largement utilisée sur d’autres espèces de dinoflagellés

comme : Alexandrium fundyense, Karenia mikimotoi, Prorocentrum donghaiense, Karlodinium

veneficum, Karlodinium armiger, Alexandrium tamarense, Alexandrium catenella, Symbiodinium sp. ou

encore Ostreopsis cf. ovata (Eckford-Soper and Daugbjerg, 2015; Harlow et al., 2006; Rosic and Hoegh-

Guldberg, 2010; Toldrà et al., 2018; Yuan et al., 2015). Ainsi, des comparaisons entre lyse enzymatique

et mécanique ont été réalisées sur des cultures d’O. cf. siamensis (triplicats) et quelques échantillons

environnementaux. Les premiers résultats sur culture montrent que le broyage améliore sensiblement

la quantité de copies récupérée pour les deux dilutions testées. En revanche, le problème deproportionnalité entre les dilutions persiste. Les résultats des échantillons environnementaux

montrent que la détection peut être largement améliorée lorsque l’échantillon est chargé en matière

organique et minérale. L’utilisation du broyage mécanique est donc une piste à considérer pour une

extraction plus efficace d’Ostreopsis. Dans ce contrat, de nouveaux essais de broyage seront réalisés

sur chacune des deux cultures en triplicat et sur trois niveaux de dilution puis une trentaine

d’échantillons environnementaux seront testés suivant le même mode opératoire. Tous les

échantillons (culture et environnemental) seront doublés pour réaliser la lyse mécanique

parallèlement à la lyse enzymatique de référence. Différents diamètres de billes et différents

programmes pourront être testés suivant les résultats obtenus. L’objectif est d’avoir des résultats

comparables, représentatifs et répétables. Le rendement d’extraction sera évalué par le nombre de

copies d’ITS cible obtenu pour chaque série de dilution de culture et permettra de valider la meilleure

méthodologie à adopter. La variabilité sera quant à elle évaluée par le calcul du coefficient de variation,

appliqué sur les triplicats d’une même méthode puis entre deux méthodes.

- Améliorer la réactivité

A ce jour, la membrane utilisée pour la filtration de l’échantillon est découpée manuellement en petits

fragments avant d’être mise à incuber dans un tampon de lyse pendant 2h à 56°C. Ce temps de

découpage peut s’avérer être relativement important et peut occasionner une perte lors de la

manipulation. Afin de limiter les étapes manipulatoires, la récupération des cellules sur filtre pourrait

être remplacée par un rinçage direct du filtre entier (utilisation d’un vortex) avec son tampon de lyse.

La récupération du matériel biologique filtré (> 3μm) est réalisée manuellement à l’aide d’un vortex.

Les tests de récupération sur filtre seront réalisés sur chacune des deux cultures en triplicat et sur trois

niveaux de dilution. Dans un second temps, une trentaine d’échantillons environnementaux seront

testés. Tous les échantillons (cultures et environnementaux) seront tripliqués pour comparer

différentes combinaisons de rinçage et de lyse (enzymatique ou mécanique). Le rendement

d’extraction et la variabilité méthodologique seront évalués par les indicateurs mentionnés

précédemment.

- Garantir la répétabilité du protocole d’extraction

L’objectif est de travailler sur une automatisation du protocole d’extraction d’ADN, habituellement

réalisée à la main. L’avantage d’utiliser un automate est de limiter la variabilité liée au manipulateur

et d’améliorer la vitesse d’exécution. En 2022, des premiers essais d’automatisation du protocole

d’extraction NucleoSpin Plant (Macherey-Nagel) II ont été menés sur un KingFisher Flex. Son utilisation

permet de remplacer toutes les étapes de centrifugation et de manipulation des colonnes. Des

comparaisons entre extraction manuelle et automatique ont été réalisées sur des cultures d’O. cf.

ovata (triplicats) et des échantillons environnementaux. Le kit NucleoMag Plant (Macherey-Nagel) a

été comparé à son équivalent manuel, le NucleoSpin Plant II. Les premiers résultats sur culture

montrent que l’extracteur donne de meilleurs résultats de quantification que l’extraction manuelle.

Concernant les échantillons environnementaux, les extraits purs obtenus par l’extracteur semblent

contenir des composés inhibiteurs en quantité suffisante pour interférer avec la réaction de PCR. En

effet, seuls les extraits dilués permettent d’obtenir une quantification du nombre de copies d’ITS. Un

important travail est nécessaire pour utiliser ce type de technologie sur des échantillons

environnementaux. La réduction du volume de filtration et l’adoption d’un nouveau tampon de lyse

seront testées dans ce nouveau contrat. Ces tests d’automatisation seront réalisés sur chacune des

deux cultures en triplicat et sur trois niveaux de dilution. Dans un second temps, une trentained’échantillons environnementaux seront testés. Tous les échantillons (cultures et environnementaux)

seront quadruplés pour comparer les différentes conditions de façon automatique et manuelle. Le

rendement d’extraction et la variabilité méthodologique seront évalués par les indicateurs mentionnés

précédemment.

-

- Fiabiliser la gamme de quantification cellulaire

En fonction des modifications retenues à l’issu des tests sur le protocole d’extraction d’ADN, l’objectif

étant d’aboutir à un protocole répétable et efficace aussi bien sur les petites que les grandes

concentrations cellulaires. De nouvelles gammes de quantification seront réalisées idéalement à partir

de différentes souches d’O. cf. siamensis et O. cf. ovata isolées sur la Côte Basque en 2022. Chaque

gamme de dilution sera produite à partir d’une concentration cellulaire connue (microscopie) diluée

en cascade jusqu’à atteindre 8 points. Les 8 niveaux de dilution seront extraits indépendamment en

utilisant le protocole défini au cours des premières phases d’expérimentation. Chaque série de dilution

cellulaire sera tripliquée et passée en qPCR de façon spécifique. L’efficacité, la linéarité et l’enveloppe

de variabilité seront évaluées pour chaque gamme. Une trentaine d’échantillons environnementaux

pourront ainsi être confrontés pour valider l’utilisation de ces nouvelles gammes de quantification

cellulaire.

- 2.2 Evaluation de la proportion des deux espèces d’Ostreopsis par PCR multiplex sur cellules

individuelles isolées à partir des échantillons collectés in situ :

Cette tâche a pour but d’évaluer l’abondance relative d’O. cf. ovata et d’O. cf. siamensis dans

les échantillons environnementaux. Par couplage avec les observations et comptages au microscope,

les abondances des deux espèces seront estimées par PCR multiplex et permettront une comparaison

et validation avec les données obtenues en qPCR (tâche 2.1). La PCR multiplex est une réaction

permettant d’amplifier simultanément plusieurs séquences cibles dans un seul échantillon. Elle fait

intervenir deux couples d’amorce, spécifiques aux deux espèces ciblées et permet de produire des

amplicons de taille différente facilement discriminants. Cette tâche est complémentaire à l’utilisation

de la qPCR, énoncée en tâche 2.1 Les résultats obtenus à l’issue de la saison 2023, permettront

d’enrichir le jeu de données acquis en 2022 et permettront de valider les résultats des analyses en

qPCR et d’aider à la compréhension des interrogations soulevées en tâche 2.1.

Dans ce cadre, il est planifié d'analyser les prélèvements bi-mensuels collectés durant la saison estivale

(juin-octobre) sur le site d’Erromardie. Pour les analyses moléculaires, les échantillons seront fixés à

l’éthanol (>95%) et environ 100 cellules d’Ostreopsis spp. de chaque prélèvement seront isolées au

hasard sous microscope inversé. Chaque cellule isolée sera identifiée individuellement par PCR

multiplex. L’ensemble des cellules identifiées, nous apportera un pourcentage d’abondance relative

de chaque espèce sur le site étudié, comme rapporté lors du suivi 2022 au LERBO (Geffroy et al. 2023).

Tâche 3 : Evaluer la robustesse des estimations quantitatives en testant la variabilité des

concentrations d’Ostreopis spp. dans les eaux de baignade en fonction de l’heure de la marée, de la

luminosité, de la bathymétrie, du nombre de stations sur un site ou de l’espèce de la macroalgue

Afin de tester la représentativité des prélèvements réalisés au cours de la tâche 1 pour suivre et

estimer la quantité d’Ostreopsis spp. dans les eaux de baignade et sur les macroalgues, des campagnes

de prélèvements complémentaires seront menées en 2023 sur la plage d’Erromardie. Les résultats deces expérimentations in situ devraient permettre de rendre le protocole de suivi plus robuste et fiable

et plus économique.

3.1 Suivi de l’abondance d’Ostreopsis spp. durant le cycle de marée

Une étude méditerranéenne récente (Pavaux et al. 2021) a montré la variabilité des concentrations

d’Ostreopsis dans les eaux de baignades en fonction de l’heure de la journée et de la profondeur du prélèvement. En plus de ces deux facteurs, l’impact de la marée sur la concentration d’Ostreopsis dans

les eaux de baignades de la côte basque doit également être pris en compte, afin de connaître le

moment le plus opportun pour réaliser les prélèvements dans cadre d’une surveillance. Les résultats

2022, ont montré une forte variabilité au cours du cycle de marée, avec des concentrations dans les

eaux de baignade qui paraissaient plus importantes autour de la basse mer par rapport à pleine mer. Afin d’affiner ces observations nous allons réaliser de nouveau des suivis sur des cycles de marée de

12h.

- Le site choisi est Erromardie pour son accessibilité, de jour comme de nuit, et la configuration

de la plage qui permet de tester la variabilité spatiale des abondances d’Ostreopsis sur un même site.

- Les prélèvements seront réalisés toutes les 2h pendant un cycle de 12h, lors d’une marée de

vive eau, en période de prolifération d’Ostreopsis spp., en trois points de la plage

- Prélèvement d’eau en sub-surface, selon protocole de la tâche 1 et mesure des paramètres

environnementaux.

- À basse mer, on ajoute un prélèvement de macroalgue en tripliquas (une seule espèce)

- Installation d’un support artificiel, constitué de 3 bandes de moustiquaire, restant immergé

pendant 12h aux trois points de la plage.

- Lors de cette opération, des prélèvements complémentaires d’eau seront effectués afin que

le laboratoire PHYSALG puisse procéder à de nouveaux isolements de cellules d’Ostreopsis

pour mise en culture. Les profils toxiniques de ces souches seront également analysés pour

tenir compte de la variabilité génétique intraspécifique.

3.2. Répartition bathymétrique d’Ostreopsis sur les macroalgues

Il s’agit de renouveler l’opération de 2022 qui avait été incomplète.

Deux sites ont été choisis pour cette opération, Guéthary et Abbadia. La bathymétrie y est adaptée

pour tester la répartition d’Ostreopsis en profondeur. De plus, ceux sont des sites suivis dans le cadre

de la DCE macroalgues, les conditions environnementales y sont suivies régulièrement et l’historique

de l’état du milieu est bien connu.

- Bathymétrie des prélèvements par radiale

• Une seule radiale par site sera réalisée

• Prélèvement à -1m, -5m et -10m (les fonds à -5 et -10m sont toujours

submergés)

• Prélèvement de macroalgue en triplicas à chaque profondeur

• Espèce cible : Gelidium corneum car présente aux 3 profondeurs retenues• Autres espèces possibles si présence : Cystoseira tamariscifolia, Halopithys

incurva, Halopteris scoparia mais probablement pas présents à tous les

niveaux

- Pour rendre compte de l’état des macroalgues en période de prolifération d’Ostreopsis des

vues sous-marines seront réalisées au moyen d’un drone sous-marin piloté depuis

l’embarcation lors de chaque plongée.

Tâche 4. Améliorer la performance de l’indicateur de vigilance basé sur les facteurs hydro- climatiques et opérationnaliser l’outil

4.1 Mise à jour de la BD hydro-climatique et comparaison des prévisions de l’outil aux mesures 2022.

Le contrat de recherche 2022 a permis de consolider une base de données complète et valide à l’échelle du littoral basque de 2010 à 2021 sur les principaux paramètres océanographiques, biogéochimiques, hydrologiques et atmosphériques à partir de différentes sources de données. Les différents paramètres (en fonction de leurs périodes de disponibilité) ont ensuite été mis en relation des abondances d’Ostreopsis mesurées sur le littoral basque afin de rechercher de possibles combinaisons de facteurs hydro-climatiques survenues lors des périodes de blooms. Un premier indicateur de vigilance a ainsi pu être mis en place, basé sur une combinaison de la température de fond et de la hauteur des vagues.Les différents paramètres hydro-climatiques d’intérêt mesurés et/ou modélisés en 2022 seront consolidés afin de mettre à jour la BD hydro-climatique sur la période 2010- 2022. Les abondances d’Ostreopsis mesurées en microscopie sur la saison 2022 seront également consolidées à la base de données Ostreopsis existante.

Ainsi l’indicateur de vigilance préliminaire pourra être testé sur les données 2022 afin de comparer les

prévisions d’alerte aux abondances mesurées sur la saison. Un calcul de performance de l’outil sera

ainsi réalisé : calcul des pourcentages de bonne prévision, surestimation du risque et sous-estimation

du risque.

4.2 Amélioration de l’indicateur de vigilance

Etant donné le peu de mesures d’abondances significatives sur la période 2020-2021, les méthodes de

machine learning testées dans le contrat de recherche 2022 n’ont pas permis d’identifier de

combinaisons de paramètres, mais seulement les variables explicatives les plus importantes.

L’indicateur de vigilance préliminaire a ainsi été construit sur la base de ces paramètres, par une

approche empirique.

De nouveaux algorithmes de machine learning (de type arbres des décision, random forest, xgboost,

etc.) seront mis en place et testés sur la base de données mise à jour. Les variables explicatives les plus

importantes seront recalculées afin d’identifier les paramètres les plus pertinents à intégrer aux

modèles. En fonction des résultats, l’indicateur de vigilance sera mis à jour soit sur la base d’un

nouveau modèle IA soit sur la même approche empirique mais avec une possible optimisation des

paramètres

4.3 Opérationnalisation de l’outil

L’algorithme correspondant à l’indicateur de vigilance final sera transféré sous la plateforme AQUADVANCED® afin de pouvoir être piloté en temps réel sur la saison estivale 2023.En effet, pour pouvoir produire des prévisions en temps réel, l’outil doit être alimenté en continu par des données d’entrée à la fois observées et prévisionnelles. Plusieurs sources de données peuvent être utilisées pour une même donnée, afin d’anticiper les problèmes occasionnels de fourniture (indisponibilité, retard de livraison, etc.) de l’une des sources en temps réel, et ainsi garantir l’alimentation permanente du système en données. La gestion de ces données requiert une expertise très spécifique, qui n’est pas prise en charge par les systèmes de supervision traditionnels. Par ailleurs, l’exécution en continu du modèle nécessite un pilotage automatisé, programmé et adapté aux exigences de la gestion des eaux de baignade. Le système doit ainsi être bâti sur une plateforme métier spécifique.

Cette plateforme offre les fondations nécessaires pour exécuter en temps réel une grande variété de tâches, comme : acquisition et calcul de données, séquencement des opérations dont les exécutions de modèles, gestion des configurations, publication des données, envoi d’alertes, etc. La technologie utilisée par RPT est le système AQUADVANCED® Milieux Aquatiques. Cette solution a été développée au cours de ces 10 dernières années par le groupe SUEZ (qui en détient la propriété intellectuelle), avec l’expertise métier de RPT.

A travers de ces différentes composantes, la plateforme opérationnelle permet d’assurer les ensembles de tâches suivants :

- Acquisition de données externes : collecte automatiquement de toutes les observations de contrôle et données d’entrée nécessaires au suivi de la qualité de l’eau et à l’alimentation des outils/modèles opérationnels (résultats des analyses, mesures continues dans le milieu, prévisions météorologiques, etc.) ;

- Détermination de l’état actuel de la qualité des eaux et prévision d’évolution :

- Production d’informations avancées par les modèles opérationnels internes et calculs sur les données collectées ;

- Pilotage et cadencement en continu des exécutions programmées et/ou manuelles des modèles ;

- Lancement des pré-traitements, post-traitements et analyse de l’ensemble des données transitant par la plateforme (observations, prévisions externes, prévisions internes, etc.) ;

- Mise à disposition de l’information pour l’aide à la décision :

- Mise à disposition de l’ensemble des informations collectées (externes) et produites (internes) par publication sur un espace dédié ; ces informations peuvent ensuite être relayées à l’extérieur du système par différents moyens, comme via le portail web de gestion active, développé par RPT et SUEZ, accessible par ordinateur et supports mobiles, communiquant les informations en temps réel aux collectivités partenaires ;

- Envoi d’alertes automatiques (par exemple par email) dans des conditions de crises, définies aussi bien à partir de données mesurées qu’à partir de résultats de prévisions ;

- Archivage temporaire des informations : sauvegarder les données produites/collectées au sein d’une base de données sécurisée, exploitable en temps différé.

Ainsi l’indicateur de vigilance sera configuré et déployé au sein de la plateforme pour un fonctionnement opérationnel en temps réel. Les différentes données d’entrée seront respectivement récupérées et consolidées de manière automatisée, les calculs de l’outil seront séquencés de manière robuste et continue, les données produites en sorties seront finalement relayées en temps réel vers le portail web de gestion active. Les différentes données d’entrée et de sortie seront ainsi visualisables en continu sur le portail web par tous les utilisateurs disposant d’un accès sécurisé par identifiant et mot de passe.Le portail web de gestion active (http://extranet.rivagesprotech.fr/Publication/) permet via un accès sécurisé de mettre à disposition des collectivités (ou tout autre acteur/partenaire si demandé) les prévisions de qualité de l’eau, ainsi que l’ensemble des indicateurs et données ayant permis d’établir les diagnostics et prévisions en temps réel. Cette interface est destinée à la consultation des informations synthétisées et/ou détaillées pour la prise de décision (pas d’actions possibles ici sur les opérations de la plateforme de pilotage). Le portail web est accessible par tout équipement compatible avec Internet et disposant d’un accès à celui-ci, comme les ordinateurs personnels, professionnel, téléphones mobiles (Smartphone) ou tablettes.Références bibliographiques

Accoroni, S., Colombo, F., Pichierri, S., Romagnoli, T., Marini, M., Battocchi, C., et al. (2012) Ecology of Ostreopsis cf. ovata Blooms in the Northwestern Adriatic Sea. Cryptogamie, Algologie 33: 191–19

AFNOR. Qualité de l’eau. Norme guide pour le dénombrement du phytoplancton par microscopie inversée (méthode Utermöhl), Norme NF EN 15204, 2006.

Battocchi, C., Totti, C., Vila, M., Masó, M., Capellacci, S., Accoroni, S., ... & Penna, A. (2010). Monitoring toxic microalgae Ostreopsis (dinoflagellate) species in coastal waters of the Mediterranean Sea using molecular PCR-based assay combined with light microscopy. Marine pollution bulletin, 60(7), 1074-1084.

Casabianca, S., Casabianca, A., Riobó , P., Franco, J. M., Vila, M., & Penna, A. (2013). Quantification of the toxic dinoflagellate Ostreopsis spp. by qPCR assay in marine aerosol. Environmental science & technology, 47(8), 3788-3795.

Drouet, K., Jauzein, C., Herviot‐Heath, D., Hariri, S., Laza‐Martinez, A., Lecadet, C., Plus, M., Seoane, S., Sourisseau, M., Lemée, R., Siano, R., 2021. Current distribution and potential expansion of the harmful benthic dinoflagellate Ostreopsis cf. siamensis towards the warming waters of the Bay of Biscay, North‐East Atlantic. Environmental Microbiology 23, 4956–4979.

https://doi.org/10.1111/1462-2920.15406

Harlow, L.D., Koutoulis, A., Hallegraeff, G.M., 2006. A novel, simplified technique for preservation and rapid isolation of total RNA from the toxic dinoflagellate Alexandrium catenella (Dinophyceae). Phycologia 45, 311–318.

Mangialajo, L., Ganzin, N., Accoroni, S., Asnaghi, V., Blanfuné, A., Cabrini, M., et al. (2011) Trends in Ostreopsis proliferation along the Northern Mediterranean coasts. Toxicon 57: 408–420.

Pavaux, A. S., Velasquez-Carjaval, D., Drouet, K., Lebrun, A., Hiroux, A., Marro, S., ... & Lemee, R. (2021). Daily variations of Ostreopsis cf. ovata abundances in NW Mediterranean Sea. Harmful Algae, 110, 102144.

Penna, A., Bertozzini, E., Battocchi, C., Galluzzi, L., Giacobbe, M.G., Vila, M., Garces, E., Luglie, A., Magnani, M., 2006. Monitoring of HAB species in the Mediterranean Sea through molecular methods. Journal of Plankton Research 29, 19–38. https://doi.org/10.1093/plankt/fbl053Pitz, K. J., Richlen, M. L., Fachon, E., Smith, T. B., Parsons, M. L., & Anderson, D. M. (2021). Development of fluorescence in situ hybridization (FISH) probes to detect and enumerate Gambierdiscus species. Harmful Algae, 101, 101914.

Rosic, N.N., Hoegh-Guldberg, O., 2010. A method for extracting a high-quality RNA from Symbiodinium sp. Journal of Applied Phycology 22, 139–146.

Tester, P.A., Litaker, R.W., and Berdalet, E. (2020) Climate change and harmful benthic microalgae. Harmful Algae 91: 101655

Toldrà, A., Andree, K.B., Fernández-Tejedor, M., Diogène, J., Campàs, M., 2018. Dual quantitative PCR assay for identification and enumeration of Karlodinium veneficum and Karlodinium armiger combined with a simple and rapid DNA extraction method. Journal of Applied Phycology 30, 2435– 2445.

Yuan, J., Li, M., Lin, S., 2015. An improved DNA extraction method for efficient and quantitative recovery of phytoplankton diversity in natural assemblages. PLoS One 10, e0133060.

Zheng, D., Alm, E. W., Stahl, D. A., & Raskin, L. (1996). Characterization of universal small-subunit rRNA hybridization probes for quantitative molecular microbial ecology studies. Applied and Environmental Microbiology, 62(12), 4504-4513.Annexe financièreDevis pour collaboration de recherche

Partenaire : RPT

Nature des coûts Objectifs du programme Montant en

€/HT

Montant en

€/TTC

1.Suivi

(Prélèvement

et Analyses)

2. Analyses

moléculaires

3.

Performance

du suivi

4. Optimisation et

déploiement des

niveaux de vigilance

(BD océano-climato)

5. Exécution du

projet

COTECH/COPIL

Coûts salariaux

Personnels permanents 73 200 € 51 000 € 21 900 € 10 200 € 156 300 € 187 560 €

Personnels contractuels 0 € 0 €

Personnels extérieurs 0 € 0 €

0 € 0 €

0 € 0 €

Frais de fonctionnement 0 € 0 €

0 € 0 €

Documentation/données 1 500 € 1 500 € 1 800 €

Achat matériel et consommables

(analyses) 23 400 € 31 000 € 54 400 € 65 280 €

Sous-traitance 0 € 0 €

Autre 15 000 € 15 000 € 18 000 €

0 € 0 €

0 € 0 €

Equipements 0 € 0 €

Matériel spécifique 1 800 € 1 800 € 2 160 €

0 € 0 €Cout total du projet 98 400 € 97 000 € 0 € 23 400 € 10 200 € 229 000 € 274 800 €

Montant soumis à la TVA en vigueur

Proposition de contribution

financière du partenaire 8 000 € 64 000 € 72 000 € 86 400 €

Reste à financer 157 000 € 188 400 €

taux de financement % 31 31Devis pour collaboration de recherche

Partenaire : Ifremer

Nature des coûts Objectifs du programme Montant en

€/HT

Montant en

€/TTC

1.Suivi

(Prélèvement

et Analyses)

2. Analyses

moléculaires

3.

Performance

du suivi

4. Optimisation

et déploiement

des niveaux de

vigilance (BD

océano-climato)

5.

Exécution

du projet

COTECH/

COPIL

Coûts salariaux

Personnels permanents 35 900 € 17 100 € 35 500 € 16 000 € 104 500 € 125 400 €

Personnels contractuels 0 € 0 €

Personnels extérieurs 0 € 0 €

0 €

0 €

Frais de fonctionnement 0 €

0 €

Missions 850 € 500 € 900 € 50 € 2 300 € 2 760 €

Achat matériel et consommables

(analyses) 1 000 € 8 500 € 1 800 € 11 300 € 13 560 €

Sous-traitance 1 000 € 3 200 € 4 200 € 5 040 €

Autre 0 €

0 €

0 €

Equipements 0 €

Matériel spécifique 0 € 0 €

0 €Cout total du projet 37 750 € 27 100 € 41 400 € 0 € 16 050 € 122 300 € 146 760 €

Montant soumis à la TVA en vigueur

Proposition de contribution financière du

partenaire 8 975 € 4 275 € 8 875 € 0 € 4 000 € 26 125 € 31 350 €

Reste à financer 96 175 € 115 410 €

taux de financement % 21Plan de financement 421 560

Co-financeurs Montant en €/TTC Taux %

Communauté d’Agglomération Pays Basque 63810 15,1

Suez 86400 20,5

IFREMER 31350 7,4

Agence de l'Eau Adour-Garonne 180000 42,7

ARS 10000 2,4

Région Nouvelle-Aquitaine 50000 11,9

Total 421560 100,0